1856年6月过后，太平天国的力量空前强大，其内部隐藏的危机也开始蠢蠢欲动。此时，“永安建制”分封的五王之中有两王已经战死，余下的三王尤以东王杨秀清的权力最大。东王本就有节制其余四王的权力，再加上南王和西王已死，杨秀清的权力就更加膨胀了，就连天王洪秀全都要受他钳制。实际上，洪秀全虽然贵为天王，但在太平天国运动前期并未掌握实权。
这段时期，杨秀清经常自称被下凡的天父附体，乘机要挟洪秀全听从自己的命令。有一次，杨秀清故技重施，又称天父附到了自己身上，叫洪秀全速到东王府来。洪秀全过来以后，杨秀清便假借天父的名义向他提出了质疑：为什么为太平天国立下汗马功劳的东王却不能被称为万岁？洪秀全只好表示，东王绝对有被称为万岁的资格。
在此期间，北王韦昌辉和翼王石达开的亲友都曾因犯错而遭到杨秀清的严惩。韦昌辉和石达开虽然表面上不敢说什么，但私底下都对杨秀清十分不满。韦昌辉甚至恳请洪秀全将杨秀清处死，结果遭到了洪秀全的拒绝。当时洪秀全尚未对杨秀清动杀机，不过却已对其产生了深深的芥蒂。
其后，杨秀清又借口前线战事紧急，将韦昌辉和石达开都调离了天京。这样一来，天京就只剩下了洪秀全和杨秀清两人主持大局。这段时期，太平军中的将领陈承瑢开始在两人之间挑拨离间，因为这两人都非常信任陈承瑢，所以当陈承瑢向洪秀全告密说杨秀清密谋杀死天王取而代之时，洪秀全马上就对这个消息给予了高度的重视。
洪秀全向韦昌辉、石达开和秦日纲发出了密令，要求他们带兵赶回天京城，突袭东王府，将杨秀清诛杀。陈承瑢主动担当内应，迎接韦昌辉及其率领的三千名太平军入城。杨秀清被诛杀后，他的家眷、仆人也受到牵累，被韦昌辉、秦日纲和陈承镕率领的太平军杀得一干二净。不仅如此，韦昌辉还借着清除东王党羽的名义，在天京城内大开杀戒，总共有两万多人被杀，其中绝大多数都是无辜的将士甚至是平民百姓。
石达开回城之后，对韦昌辉滥杀无辜一事极为不满，并与之发生了冲突。韦昌辉一怒之下，居然又对石达开的家眷和部下大开杀戒。石达开在夜色的掩护下逃到了天京城外，但留在天京翼王府中其他人却被韦昌辉杀了个精光。
石达开在极度的悲愤之下上书天王，请求诛杀北王以平民愤。与此同时，石达开还组织天京城外的太平军在安徽安庆向韦昌辉开战。韦昌辉此刻已是人心尽失，索性领兵对天王府发起了进攻。很快，韦昌辉就兵败被杀，秦日纲和陈承瑢也被洪秀全下令处死。这就是天京事变的始末。
天京事变是天平天国由盛转衰的分界点，尽管此次事变最终平息下来了，但太平军中很多将士却因此变得心灰意冷。天京事变过后，“永安建制”分封的五王已经死去大半，翼王石达开成了硕果仅存的一个。当年11月，石达开被洪秀全召回天京，在奉命追缴韦昌辉的余党时，石达开表现得仁义、宽厚。他下令只对那些罪大恶极的首犯进行严惩，被迫参与的韦昌辉部下则不予治罪。对于韦昌辉的亲眷，石达开也保护有加，不让他们受到任何牵连。在石达开的努力下，天京的局势很快就平定下来了。
在天京事变发生的过程中，清军在与太平军的交战中逐渐占据了上风。石达开回京后，便指挥太平军先将局面稳定下来，再寻找机会对清军发动反攻。除此之外，石达开还提拔了陈玉成、李秀成等年轻将领，这些将领成了后期太平天国运动的中坚力量。
石达开所做的这些努力让他在太平天国的军民之中赢得了极高的声望，洪秀全因此对他产生了很深的猜忌之心，不再对他予以重用。这段时期，洪秀全开始重用自己的族弟洪仁：槿诗是太平天国后期的主要领导者，《资政新篇》就是由他提出的一套改革方案。
随着洪秀全对自己的猜忌愈演愈烈，甚至动了杀机，石达开终于走投无路，带兵出走，避开天王，希望通过这样的方式避免天京事变在朝中重蹈覆辙。在此之后，石达开率领太平军在浙江、福建等地先后取得了多次胜利，为太平天国运动的发展立下了不小的功劳。然而，从1859年开始，石达开便在与清军的对抗中占了下风。1863年5月，在大渡河一战中，石达开部被清军击败，两千名太平军将士被清军歼灭，主帅石达开也被生擒，后被凌迟处死。
早在天京事变平定之初，天京就再度遭到了清军的围困。由于自身的力量已遭到了严重的削弱，太平军便开始与捻军合作，并将长江以北的饥民编入太平军，以壮大太平军的力量，与清军抗衡。1858年8月，陈玉成和李秀成共同领导太平军击破了驻守在天京以北的江北大营。两个月后，又在庐州的三河镇一战中击溃了湘军的一支精兵。这两次战役的胜利，成功粉碎了清政府想要攻破天京，进而粉碎太平天国运动的企图。
局势平定下来以后，洪仁阍诤樾闳闹С窒绿岢隽恕蹲收缕贰Ｕ馐怯芍泄颂岢龅淖钤绲拇凶时局饕迳实母母锓桨福浜诵氖窍蛭鞣焦已埃谡巍⒕谩⑽幕矫娼幸幌盗懈母铩！蹲收缕返奶岢鼍褪俏苏裥颂教旃恰蹲收缕肺适乐螅疵挥姓嬲凳┕蚓褪撬皇桥┟窠准陡锩氛牟铮淠谌莞揪筒簧婕芭┟褡罟刈⒌耐恋匚侍猓虼怂诘鞫┟窀锩蜕幕苑矫嫫鸩坏饺魏巫饔茫偌由系笔本质贫矗揪筒豢赡鼙桓吨钍导